永代供養墓による供養を考えたときに、様々なメリット・デメリットがあることがわかるかと思います。
そのデメリットについてと、それを踏まえた上での永代供養墓を選ぶメリットについて説明したいと思います。

永代供養墓のデメリット１　「お墓参り」する意味がわからなくなってしまう

永代供養墓の多くは、今までの一般的なお墓である「寺院の敷地内に土地を借りて、家や個人の墓石を建てる」という形式とは異なります。

従来のようなお墓参りの形である、敷地内の掃除をし、お花を供え、お線香を立てて手を合わせる、という形式を想像していると戸惑う方が多いのも事実でしょう。
「墓石」や「先祖代々の敷地」というものに強くこだわりを持っておられる方にとっては、永代供養墓はお参りすることの意味が見出しにくいかもしれません。

確かに、そのお墓の近くに暮らし、頻繁に通うことができて、古くからの御先祖を多く持っていらっしゃるような方には、永代供養墓というのはあまり向かない形式になるかもしれません。
しかし、頻繁に通うことが難しい方や、「墓石」というものにこだわらない方にとって永代供養墓はメリットとなるでしょう。

現在は、様々な永代供養墓の形式があります。
きちんと骨壷や位牌と向き合い、お線香をあげることのできるような形の永代供養墓も数多くあります。「お参りする」という行為自体ができなくなるわけでは決してありません。
むしろ、自分の好きな場所にお墓を選ぶことができ、屋内などの天候に左右されない場所でのお参りができるので、頻繁に通い手を合わせることも可能となるのです。

永代供養墓のデメリット２　遺骨を取り出すことができない

永代供養墓の多くは、始めは、あるいは一定の年月の後には、遺骨は他の故人と一緒に合わせて納骨され、供養されます（これを「合祀」といいます）。
一緒にされた遺骨は取り出すことができません。

先祖・家族・夫婦以外の故人と一緒に、遺骨が土に帰されてしまうということに抵抗を感じ、大きなデメリットだと感じる方もいらっしゃるかと思います。
一度そのような形で合祀されてしまうと、二度と取り出すことができませんので、後々に子供や子孫が従来のお墓を新しく作った場合でも、そこに入れてもらうということはできないと考えておいた方がよいでしょう。

しかし、「一定の年月」というのは、形式にも寄りますが、長いと50回忌の法要が終了するまで個別に管理してくれる寺院もあります。

または、費用などによっては半永久的に個別に遺骨を管理してくれるところもあります。どうしても遺骨が他の人と一緒になるのは避けたい、でも墓石は必要ない、というような場合でも、それを叶えてくれる永代供養墓もあるのです。
遺骨を合祀されることに抵抗がある、という方にとっては、「どのくらい個別で供養してくれるのか」という点についてなど、寺院によく確認をしておいた方がよいかもしれません。

永代供養墓のデメリット３　家族間での合意がないとトラブルになる

「お墓」の問題というのはとても重要な家族や親族の問題です。

自分だけが永代供養墓での供養を望んだとしても、子供や親戚、係わる人たちの合意がないと後々のトラブルになりかねません。
特に、今まで従来のお墓を持っていて、それを引き払って永代供養墓にしたい（お墓を移すことを「改葬」といいます）という場合には、話し合いが必要となるでしょう。

「子供に負担をかけたくない」とは言っても、その子供にも色々な考えがあるでしょう。
現在お墓がないとしても、一定の期間遺骨を預かってくれるような寺院も現在では増えています。一旦そこに預けて、従来のような形のお墓を購入することも可能です。

急いで永代供養墓にするのではなく、自分たち家族・親族にとってどのような形の供養が一番向いているのかをよく話し合いましょう。

以上、永代供養墓を選んだときに起こりうるデメリットについて考えてみました。しかし、これらのデメリットは、一方ではメリットにもなるということです。
その点についてきちんと整理して考えると、従来のお墓と永代供養墓、そのどちらが自分たちにとってよりよい形での供養となるのかが見えてくると思います。